哥伦比亚近50%的国土被广袤茂密的森林覆盖。这里是位于该国最南端的哥伦比亚亚马逊雨林。其丰富的动植物资源是无价的自然宝藏，使哥伦比亚成为地球上生物多样性最丰富的地区之一。
为了保护这一遗产，该国各级政府创建了一系列公园和自然保护区，这不仅有助于保护哥伦比亚亚马逊的自然财富，也有助于保护其文化影响，因为许多土著民族仍然居住在该地区。
亚马逊是哥伦比亚六大自然区域之一。它本身又是更大的自然区域——亚马逊雨林的一部分，亚马逊雨林横跨巴西、委内瑞拉、厄瓜多尔、圭亚那、苏里南、秘鲁和玻利维亚等其他南美国家。
扩建面积超过480.000平方公里，占全国面积的40％以上。 但这是哥伦比亚人最少的地区，人类尚未完全驯化这一地区。
哥伦比亚亚马逊河有十几个公园和自然保护区。 这些是最重要的：
拉帕亚国家公园
在拉帕亚国家公园的水道上乘独木舟
它位于普图马约省，占地42.2万公顷。它被认为是世界上生物多样性最丰富的地区，拥有数百种哺乳动物、近1500种鸟类和超过200万种昆虫。
拉帕亚国家公园的植物群同样壮观，树木的树冠高达近百米。此外，公园还拥有令人叹为观止的景观，以及错综复杂的河流、泻湖和可通航湖泊网络，这些水域栖息着水蟒和黑凯门鳄。
阿马卡亚库自然公园
粉红海豚，阿卡马亚库自然公园的“明星”
这个公园位于哥伦比亚最偏远、最难到达的地区，这是一片茂密的丛林地带，哥伦比亚与邻国巴西的边界在这里变得模糊不清。
阿马卡亚库国家公园之所以闻名遐迩，很大程度上要归功于其河流和泻湖中一种独特的物种：粉红河豚。许多游客深入哥伦比亚丛林腹地，从观景台上观察这种世界上独一无二的水生哺乳动物。
除了粉红河豚，这座公园还栖息着500多种鸟类和数量尚未确定的淡水鱼。这里也是美洲虎、水獭和海牛的家园。在以莲花闻名的莫卡瓜岛上，可以看到许多猴子。
卡维纳里国家公园
卡维纳里国家公园占地575.500公顷，位于亚马逊省。园内生长着许多高大的树种，有些树高超过40米。哥伦比亚一些最重要的河流，如帕玛河、卡维纳里河和卡克塔河，都流经卡维纳里国家公园。
至于动物方面，公园湿润的热带气候非常有利于昆虫和爬行动物的繁衍生息。这里栖息着蟒蛇和水蟒。其他代表性物种包括美洲豹，以及生活在河流和泻湖中的凶猛食人鱼。此外，公园也是博拉-米拉尼亚族几个土著社区的家园。
努卡克国家自然保护区
努纳克地区被大河道所包围
该储备金位于瓜维阿雷省。 它的形状为三角形，其界限以北部的伊尼里达河，东部的博卡蒂河，埃塞特河和帕普瑙河和西部的瓜卡鲁河和伊尼里达河为特征。
伊尼里达的另一边是普伊纳威自然公园，拥有超过一百万公顷的稀树草原和亚马逊雨林，就在哥伦比亚和巴西的边界上。
据估计，约有两千名土著居民生活在努卡克国家自然保护区内，他们沿袭着传统的生活方式。他们属于马库族，是哥伦比亚唯一一个依靠可持续利用自然资源和在亚马逊雨林中进行季节性迁徙而得以生存的土著民族。
除了这些大型公园外，哥伦比亚亚马逊地区还拥有许多壮丽葱郁的景观，例如拥有数座平顶山（特普伊山）的奇里贝克特山脉自然公园；位于卡维纳里以南的普雷河国家自然公园，这是一处野生动物保护区；以及丘伦贝洛斯山脉奥卡-瓦西国家自然公园，它是哥伦比亚国家公园系统中最新设立的保护区之一，也是该国至少四分之一鸟类物种的栖息地。